Cet article avait été écrit le 18/09. Un plateau s’est bien produit mais la croissance de l’épidémie est répartie en octobre. La meilleure explication de ce phénomène d’acceleration en octobre vient dur docteur Antoine Flahault qui avait senti le danger comme on peut le voir dans cette intervention du 11 juin:
Comme le souligne le rapport du 17/09 de santé publique France, tous les indicateurs restent en hausse. Cependant, on peut commencer à voir la frange d’or du nuage pour deux raisons:
Le taux de positivité est stable
Un taux de positivité enfin stable en semaine 37 (du 7 au 13 septembre) après le décollage de juillet (semaine 29)
Même si Santé Publique France, souligne à raison qu’on rate un nombre non négligeable de malades en raison de la saturation des capacités de tests, le taux de positivité stable à 5,4% sur un échantillon de plus de 150 000 personnes reste rassurant. La progression de la maladie semble se tarir. Ce que confirme l’estimation du R en baisse.
Le nombre de reproduction effectif (R) continue de baisser
Le R effectif des tests de laboratoire (SIDEP) a baissé à 1,09 au 12 septembre. Celui des urgences (OSCOUR) augmente. Ce qui est normal car les hospitalisations suivent avec retard les cas détectés.
Le R des laboratoires (SIDEP) a baissé à 1,09 au 12 septembre contre 1,19 la semaine précédente. Si la tendance se maintient, le R devrait être passé en-dessous de 1 cette semaine. Ce qui est possible puisque sur le graphique en-dessous qui montre une moyenne glissante de une semaine, on semble atteindre un plateau.
J’ai partagé le code python pour engendrer l’image et sa version interactive dans un post sur reddit.
Les hospitalisations suivant avec retard les cas (une semaine environ), le décalage entre le R des laboratoires et des urgences peut s’expliquer pour cette raison. Il faut aussi ajouter que les taux d’incidence stagnent entre 15 et 44 ans alors qu’il augmentent chez les plus de 65 ans.
Un taux d’incidence stable en-dessous de 45 ans mais encore en augmentation pour les plus de 65 ans, ce qui est annonciateur d’hospitalisations à venir.
D’où cette conclusion plutôt logique de Santé Publique France:
Les hausses des admissions en hospitalisation conventionnelle, en réanimation, ainsi que des décès étaient attendues du fait de la transmission communautaire non maitrisée et de l’augmentation exponentielle des cas confirmés de COVID-19 rapportée depuis mi-août 2020. Les formes graves conduisant à des hospitalisations, des admissions en réanimation et des décès surviennent avec un décalage de 2 à 3 semaines après le signalement des cas.
Rapport de santé publique France sur l’épidémie du COVID-19 en date du 17 septembre
Si le virus continue de circuler largement chez les adultes jeunes, l’augmentation des cas chez les 75 ans et plus, l’augmentation des signalements et des clusters survenus en Ehpad ainsi que les premières augmentations des nombres de décès pour COVID-19 sont des signaux d’alerte majeurs.
La plus grande vigilance doit être maintenue autour des personnes âgées compte tenu de la fragilité de cette population dans laquelle survient le plus grand nombre de décès dus au SARS-COV-2.
Au niveau national, les nouvelles hospitalisations, les admissions en réanimation pour COVID-19 restent actuellement modérés en comparaison de la période mars-avril mais l’intensification de la diffusion du virus chez les personnes les plus âgées, fait craindre la poursuite des hospitalisations et des décès dans les semaines à venir.
En ce qui concerne l’occupation des lits de réanimation, on est loin du taux de 140% au pic d’avril. On est à 9,5% le 05/09 contre 6,8% le 1er août. Avec un R de 1,4 mesuré par Oscour, on a un doublement toutes les deux semaines. A priori, on ne devrait pas atteindre la surcharge d’avril. Le R mesuré par Oscour devrait finir lui aussi par baisser vu qu’il suit avec un certain retard le R mesuré par SIDEP.
Taux d’occupation des lits de réanimation pris sur etalab.
Pour les moins de 15 ans, on note toujours une forte hausse continue depuis la semaine 33 (10 au 16 août), donc avant la rentrée. On note que le taux de dépistage a connu une forte hausse avec la rentrée scolaire.
En conclusion, on ne lâche rien et on continue à être vigilant. Il va y avoir des hospitalisations et des décès mais dans une mesure nettement moindre qu’en avril. Il faut que le R continue de baisser et cette remontée sera bientôt derrière nous.
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